¿las luces de mi carro parpadean, a que se debe esto?

es un neon 2000 al que recien le cambie el alternador....

Parpadean porque tenés un super woofer en el cofre? xD. Si es así, metele un capacitor. Si no tenés nada de eso y parpadean cuando vas andando es un cable flojo o el relé hecho merda jeje. No es difícil la conexión de las luces. Va la tecla del tablero a la bobina del relé. El relé a la batería y a las lámparas. Fijate también puede ser un fusible flojo. Espero te haya servido